Biologisk markkartering innebär att förekomst av olika skadegörare på fältet kartläggs, och kan bli ett kraftfullt beslutsunderlag vid val av växtföljd och odlingsplats för känsliga grödor. Många jordburna patogener, som klumprotsjuka i oljeväxter och ärtrotröta, har vilosporer med lång överlevnad, 10-20, år i marken. Den långa överlevnadstiden gör det intressant att kartera förekomsten. Tillgången till nya testmetoder baserade på DNA-teknik ger odlarna möjlighet att uthålligt anpassa odlingen efter markens patogenförekomst. En sådan biologisk kartering är ett värdefullt komplement till dagens kemiska markkartering.

Video om klumprotsjuka från Canada Council of Canada

I all växtodling är växtföljden den viktigaste förebyggande åtgärden för att förhindra uppförökning av jordbundna patogener. I ensidiga spannmålsväxtföljder kan olika svampsjukdomar uppförökas relativt snabbt, och korta intervall mellan oljeväxt- eller ärtgrödor kan ge ödesdigra effekter på skördar och produktkvalitet. En ökad efterfrågan på grödor som oljeväxter och ärt förväntas ge uppförökning av växtföljdsberoende patogener som klumprotsjuka, kransmögel och bomullsmögel. I dag är ärtrotröta ett stort problem i vissa delar av landet och odlingen av konservärt i södra Sverige styrs i allt större omfattning till jordar där ärtor inte odlats tidigare. Uppförökning av rotröta i rödklöver som starkt minskar uthålligheten på gårdar med återkommande rödklövervallar är en angelägen forskningsuppgift.
En kvantitativ PCR-metod har utvecklats på SLU i Skara, med vilken förekomsten av unika DNA-strängar i patogeneras arvsmassa kan bestämmas i ett jordprov. Metoden fungerar idag för klumprotsjuka, ärtrotröta och rotdödare.